复旦大学药物分析学科创建于20世纪50年代, 2000年上海医科大学与复旦大学形成了新的复旦大学药物分析学科。2009年初,响应学校"一体两翼"发展战略,学科整体由枫林校区搬迁至张江校区。1961年开始招收研究生;1981年和2012年先后获得硕士和博士学位授予权。
      经过半个多世纪的发展,药物分析学科在人才培养和科学研究方面取得了长足的进步。老一辈的学科带头人——秦芝玲教授、陆明廉教授、孙时良教授、姚桂根教授、程务本教授等先后在此辛勤耕耘,针对新药质量控制分析技术等领域开展了大量的研究,为药物分析学科的发展做出巨大贡献。2002年以来,药物分析学科的研究领域进一步拓展,涵盖了光谱、电化学、色谱分析三个方面。

      药物分析学科现有7名教师, 包括教授、博士生导师4名，副教授3名；其中4名教师具有博士学位。拥有教育部新世纪人才1名;上海市优秀学科带头人1名;上海市教委"曙光学者"基金获得者1名。

      近五年来本学科共发表SCI论文80余篇，在Anal. Chem., Small, Lab Chip, Chem. Commun., Chem. Eur. J.等国际重要学术期刊上发表影响因子大于3的SCI论文50余篇。近五年承担了4项国家自然科学基金课题、3项国家863计划课题，2项上海市基础研究重点项目，1项教育部新世纪优秀人才项目，并承担了多项新药申报企业项目等课题的研究。近五年来本学科共申请国家专利40余项，其中13项已获得授权。相关研究成果获2007年度上海市药学科技奖三等奖及2009年度上海市科学技术奖(技术发明奖)三等奖各1项。

      药物分析学系目前为药学本科生及生命科学院基地班开设的课程有:药物分析、化学分析、仪器分析、物理化学、体内药物分析。为成人教育开设的课程有:药物分析、化学分析、仪器分析。为研究生开设的课程有:现代色谱技术、生物药物分析、现代药物分析选论、近代仪器分析基础、体内药毒物的分离和检测、化学发光在药物和DNA分析中的应用、荧光分析技术在生物领域中的应用、微流控芯片技术。其中，《仪器分析》为复旦大学精品课程；《药物分析》为上海市重点建设课程及上海市精品课程。
本学科一直重视研究生的培养和教育工作,已培养硕士、博士研究生及博士后100余名,其中3人获"上海市优秀博士毕业生"称号;2人荣获"上海市优秀硕士论文";1人荣获"教育部博士研究生学术新人奖"；1人荣获国家奖学金。
学科培养人才和就业趋势主要为:高等院校和科研院所、国内外著名企业新药研发中心、大型医院临床药学研究中心和药剂科、药检所、药监局等从事分析化学和药物分析相关领域的研究、开发及行政监管等工作,具有良好的就业现状和广阔的就业前景。

      本系自2006年起各骨干教师先后参与了国内外学术会议、交流近20余次。