复旦大学药学院创建于1936年，是我国办学历史悠久和最具影响力的五所高等药学院校（中国药科大学、沈阳药科大学、北京大学、复旦大学、四川大学）之一。药学学科于2000年被列为上海市重中之重建设学科，是教育部“211”、“985”一期、二期和三期重点建设学科，共涵盖7个二级学科，包括药物化学、微生物与生化药学、药理学、药剂学、生药学、药物分析学和临床药学。药剂学为国家重点学科，药理学和药物化学为上海市重点学科。      

       1981年和1987年药学院分别成为全国第一批硕士学位和博士学位授予点单位，拥有1个博士后流动站（1995年）、7个二级学科博士点和7个硕士点；2011年和2012年分别首批获准培养专业学位“药学硕士”和“工程博士”，并于2012年教育部第三轮学科评估中综合排名第五。

       2013年以来，复旦大学药学院连续三年药学专业的QS排名进入世界前100强（2013年位列国内高校第一，2014和2015年位列第二，仅次于北京大学药学院。截至2014年11月，复旦大学“药理学与毒理学”研究领域进入ESI排名前0.2%行列；2014年药学学科被评为复旦大学5个最优势学科之一。