学院拥有从本科生到研究生、从学历教育到继续教育的完整药学专业人才培养体系，2019年入选第一批国家级一流本科药学专业建设点，2021年入选第一批教育部药学拔尖学生培养计划2.0基地。

学院以建设中国领先、世界一流的药学学科为目标，秉承“人才培养为学科建设之本”的理念，本科生培养坚持“通才教育与精英教育并举”，重在培养科学知识雄厚、专业技能扎实、创新能力强劲、综合素质卓越的药学拔尖人才；研究生培养坚持“为社会培养创新型和复合型的高层次药学专业人才”育人目标，兼顾基础研究与应用转化两个方向，创新育人机制，提升人才培养针对性和实效性，适应新时代的发展；开设本科成人教育、临床药师培训及执业药师继续教育等课程，为社会在职人员提供从本科到研究生培养和行业人才培训的终身药学教育。

目前每年招收药学专业本科生（含留学生）100余名，学制4年；招收各种类型硕士研究生100余名、各种类型博士研究生70余名。设有药学博士后科研流动站，每年招收博士后近20人。迄今为止，药学院培养了6位中国两院院士、1位美国国家医学院院士暨美国人文与科学院院士等一大批国内外知名的专家学者和创新创业人士，为我国药学事业的发展做出了重要贡献。

近年来推出个性化“卓博计划”本研一体化培养方案，并在国内率先实施了临床药学专业“4+2”和“4+4”的培养模式。2012年至今，药学院获评国家级精品课程、国家级资源共享课程、国家级线上一流课程、上海市级各类金课等10余门，获得全国药学专业学位研究生教育教学成果奖一等奖1项、上海市级教学成果奖一等奖1项和二等奖3项、上海市优秀教材奖1项。