复旦药学院在“211工程”、“985一期、二期和三期工程”建设的基础上拥有科研“5基地6平台2中心”，其中“5基地”包括药剂学科于2011年成为教育部智能化递药重点实验室, 药理学科于2014年获批建设上海市“小分子活性物质”重点实验室；2003年，药剂学科、生药学与药物分析学科分别被国家中医药管理局确定为2个“国家中医药科研三级实验室”，即“中药制剂实验室和中药生药分析实验室”； “6平台”包括化学和生物测试平台、动物实验中心药效评价平台、分子模拟与设计平台，抗病毒药物筛选平台， 药物活体影像筛选平台，新制剂与新释药系统技术平台；“2中心”包括2012年获批上海市教委筹建的复旦大学上海市药物研发协同创新中心，以及复旦大学医学院临床药学中心，它们为药学院的基础和应用基础研究奠定了坚实的基础。