复旦大学药学院致力于创新药物基础和应用研究，围绕原创药靶发现与验证、原创药物研发、药物制剂与递送技术、新药临床研究与监管、科研转化等关键环节，加强高能级科研平台建设。平台以“能力建设”和“新药研发”为指导思想，以心脑血管疾病、代谢、抗感染和抗肿瘤药物为纵向主线，建设综合性创新药物研发大平台，形成紧密衔接、功能配套的新药创制研发链，构筑"基础研究-产业转化"双向协同的科研创新体系。

学院目前拥有克服递药屏障高端制剂全国重点实验室、智能化递药教育部重点实验室、教育部免疫炎症疾病原创药物医药基础研究创新中心、上海市肿瘤治疗新靶点发现与抗体药物重点实验室（筹）、上海市药物研发协同创新中心、上海市免疫治疗药物工程技术研究中心、上海市生物医药放射性专业技术服务平台、上海市新药创制现代产业学院、上海市定量药理学专业技术服务平台（筹）、复旦大学临床药学研究中心、衢州复旦研究院等多层次研究中心/平台，为创新药物研发提供了坚实的支撑，助力高水平原创科研成果的产出和转化应用。