复旦大学药学院天然药物学系于2019年9月正式成立，由原来的生药学教研室和天然药物化学教研室合并组建而成。现有教职工13名，全部具有博士学位，包括教授（研究员）6名、副教授4名、青年研究员1名、青年副研究员1名、讲师1名，其中博士生导师8名、硕士生导师3名。拥有国家杰出青年基金获得者1名（陈道峰）、教育部跨世纪人才1名（陈道峰）、上海市优秀学科带头人2名（陈道峰、孙逊）、上海市教委曙光学者1名（陈道峰）。现任系主任为陈道峰教授。

       天然药物学系拥有国家中医药管理局中药生药分析三级实验室，招收硕士生、博士生和博士后。承担《生药学I》、《天然药物化学I》、《药用植物学I》等本科生必修课程，《高级生药学选论》、《天然药物化学进展》、《光谱分析》、《天然产物合成策略》、《生药成分分析》、《中药资源学》等研究生课程的教学。主要围绕生药品种整理与质量评价、中药药效物质基础、天然活性成分的分离鉴定、天然先导化合物的结构修饰与全合成等特色研究方向开展科学研究。

       天然药物学系曾与中国药科大学一起承担并完成了“七五”、“八五”、“九五”国家重点科技攻关课题“常用中药材品种整理和质量研究”；近年来先后主持了国家“十一五”、“十二五”国家重大新药创制课题5项、国家杰出青年基金项目和优秀青年项目各1项目、国家自然科学基金重点项目2项、国家自然科学基金面上项目等国家级和省部级科研项目多项，完成多个药材及饮片国家标准的起草与制订。研究成果先后获得国家科技进步奖一等奖（1992年）和三等奖（1997年）各1项、国家中医药科技进步一等奖和二等奖各1项、教育部自然科学奖一等奖1项（2006年）。