复旦大学药学院现有完整的新药创制研发链和基础研究支撑平台，以临床问题为导向，面向国家重大需求，聚焦心脑血管、肿瘤、感染等重大疾病，着力源头创新，开展原创药靶发现与验证、原创药物研发、药物制剂与筛选技术、新药临床研究与监管等科学研究。学院充分利用复旦大学基础医学、生物医学、临床医学、生命科学、化学等学科的综合优势，交叉融合，侧重新理论、新技术、新方法、新产品的开发与利用，联合攻关，使药学基础研究与新药开发应用浑然一体，形成了创新药物研究与应用的一体化格局。

学院拥有克服递药屏障高端制剂全国重点实验室、智能化递药教育部重点实验室、教育部免疫炎症疾病原创药物医药基础研究创新中心、上海市肿瘤治疗新靶点发现与抗体药物重点实验室（筹）、上海市药物研发协同创新中心、上海免疫治疗药物工程技术研究中心、上海市生物医药放射性专业技术服务平台、上海市定量药理学专业技术服务平台（筹）等多层次研究中心/平台，为创新药物研发提供了坚实的支撑，助力高水平原创科研成果的产出和转化应用。

药学院承担了国家重点研发计划“十三五”深海关键技术与装备、“十四五”病原学与防疫技术体系研究等项目。作为首席科学家单位承担国家重点基础研究发展计划（“973”计划）项目3项，作为项目负责人单位承担国家高技术研究发展计划（“863”计划）项目6项，主持和参加科技部重大项目45项。近五年来，学院教师承担纵向课题240余项，年均发表高水平论文200余篇。

在基础应用研究方面，药学院充分利用地处张江药谷的区位优势，与张江科学城、上海乃至长三角地区的科研院所，以及张江集团、华润集团、扬子江药业集团等知名企业开展密切合作，已初步构建从创新药物发现到新药研发的完整链条，为提高学院新药研究的自主创新能力，促进基础研究成果向企业转化，为国家新药创新体系建设和重大新药开发做出了积极贡献。学院在靶标发现、生物药物、小分子药物、高端制剂等方面的药物开发和转化取得丰硕成果。近五年来，实现了11项专利转化，其中千万（元）级以上新药成果转化8项；总转让合同金额超过12亿元。

药学院已获教育部自然科学奖一等奖2项，国家自然科学二等奖1项，国家科技进步二等奖1项，中国药学会科学技术奖6项，上海市药学奖7项，高等科研优秀成果奖（科学技术）2项，海洋科学技术奖1项，中国产学研合作创新成果奖一等奖1项；并与来自美国、英国、法国、澳大利亚等国家和地区十几所大学、国际国内科研院所、制药企业及张江药谷建立了国际、国内友好交流与合作关系，每年主办多次国际会议，邀请国内外知名企业界与学术界专家进行学术讲座。