复旦大学药学院现拥有完整的新药创制研发链和基础研究支撑平台，依托药物化学、药理学、药剂学和临床药学等四大学科群，以临床问题为导向，面向国家重大需求，聚焦和围绕心脑血管、肿瘤、感染等重大疾病，着力源头创新，开展创新药物发现、生物效应及成药性、药物制剂及递送、药物临床应用与安全性评估等科学研究；学院还充分利用复旦大学基础医学、生物医学、临床医学、生命科学、化学等综合学科的优势，交叉融合，侧重新理论、新技术、新方法、新产品的开发与利用，联合攻关，使药学基础研究与新药开发应用浑然一体，形成了创新药物研究与应用的一条龙格局。

复旦药学院在“211工程”、“985一期、二期和三期工程”建设的基础上，形成了科研“5基地6平台2中心”，其中“5基地”包括药剂学科于2011年成为教育部智能化递药重点实验室, 药理学科于2014年获批建设上海市“小分子活性物质”重点实验室；2003年，药剂学科、生药学与药物分析学科分别被国家中医药管理局确定为2个“国家中医药科研三级实验室”，即“中药制剂实验室和中药生药分析实验室”； “6平台”包括化学和生物测试平台、动物实验中心药效评价平台、分子模拟与设计平台，抗病毒药物筛选平台，药物活体影像筛选平台，新制剂与新释药系统技术平台；“2中心”包括2012年获批上海市教委筹建的复旦大学上海药物创制产业化开发中心，以及复旦大学医学院临床药学中心，它们为药学院的基础和应用基础研究奠定了坚实的基础。

目前药学院承担了新药创制国家十一五 “新药创制综合技术大平台”建设、国家十一五、十二五 “新制剂与新释药系统技术平台”建设、国家十一五“中药药效物质基础及物质资源库关键技术研究”，其中“新药创制综合技术大平台”设置十个子平台，涵盖创新药物研发的全过程，形成紧密衔接、功能配套的创新药物研发链，研发/孵化22个创新药物。主持了科技部重大项目33项，包括国家“973”计划项目3项、国家“863”计划项目7项、国家重大新药创制专项课题5项等。近五年已获得国家、上海市等各类纵向基金项目近230项，资助金额达1.7亿多元；主持国家自然科学基金课题97项（近3年中标率达40%），其中包括国家自然科学基金重点项目3项、杰青3项、优青1项，国际合作项目2项；获得其他部级项目共43项；研究成果共发表SCI论文661篇（2014年平均影响因子达4.32），其中ESI高被引论文8篇，IF>10的12篇，IF>5的144篇；另有11位教授成为20个世界知名期刊的编委，学术水平已得到了世界知名期刊充分认可。

在基础应用研究方面，药学院充分利用地处张江药谷的区位优势，与张江园区内的科研院所和100强国际知名药企密切合作，已初步构建从创新药物发现到新药研发的完整链条，为提高学院新药研究的自主创新能力，促进基础研究成果向企业转化，为国家新药创新体系建设和重大新药开发做出了积极贡献。近五年药学院已承担了一批具有影响力的创新药物研究开发项目，已到位科研经费近5000万元。其中已申请专利数310项，授权专利数197项，国际专利2项；获得临床试验批件9个，申请二期临床试验批件1个，已成为国家高校新药创制研发的重要基地。

药学院已获教育部自然科学奖一等奖2项，国家自然科学二等奖1项，国家科技进步二等奖1项 ，中国药学会奖6项，上海市药学奖7项；并与来自美国、英国、法国、澳大利亚等国家和地区十几所大学、国际国内科研院所、制药企业及张江药谷建立了国际、国内友好交流与合作关系，每年主办超过4次国际会议，邀请国内外知名企业界与学术界专家进行学术讲座近百余场，已具备了一定的国际学术地位和话语权。