中药生药分析实验室由生药学和药物分析两个学科组成，是研究中草药的特色实验室，于2003年被评为国家中医药管理局三级实验室。实验室现有人员21名，包括教授、博士生导师6名，副教授或副研究员、硕士生导师4名，高级工程师1名，工程师1名，讲师4名，主管技师2名，技师3名。现任主任为侯爱君教授。实验室拥有“国家杰出青年基金”获得者、教育部“跨世纪优秀人才”、“新世纪优秀人才”、 上海市教委“曙光学者”和上海市高校优秀青年教师等优秀人才。

     实验室以中草药质量控制和活性物质研究为工作重点，研究方向主要包括：中草药鉴定与质量标准研究、中草药活性成分研究和中草药体内外分析新技术。近5年来，承担的主要科研项目包括“重大新药创制” 专项、国家863计划、重大研究计划《中医药学几个关键科学问题的现代研究》、国家自然科学基金、上海市科委项目等。近5年来，已培养博士研究生20余名，硕士研究生40余名，现在读博士和硕士研究生50余名。                                  

     实验室在中草药的教学和科研中成绩突出。曾获得国家科技进步一等奖（1992年）、全国医药教育先进集体（1994年）、国家中医药科技进步一等奖（1996年）、教育部科学技术奖自然科学一等奖（2006年）、上海市科学技术奖自然科学三等奖（2006年）、上海市药学科技三等奖（2007年）、上海市科技发明二等奖（2006年）、德彪－中国奖（2006年）等多项学术奖励。