药物化学教研室成立于1952年，是我国最早建立的药物化学学科之一。早期由历史悠久的中法大学药科、上海药学院、浙江大学药学系等著名药物化学和有机化学二级教授杨毅（留日）、宋梧生（留欧）、袁开基（留美）、伍裕万（留法）以及刘贻荪、王振铖、朱淬砺等知名教授领衔，在我国药学界享有盛誉。经过几代人的艰苦奋斗和辛勤耕耘不断壮大，并在历届主任薛芬、董纪昌、刘懋勤、周智善、闻韧、夏鹏、仇缀百、叶德泳教授的共同不懈努力下得到持续发展。1981年和1990年先后成为硕士和博士学位授予点；1995年成为上海市重点学科；2019年撤室建系，近年来在教学和科学研究方面均取得了显著进步，成为培养药学人才和新药研发的重要基地。

药物化学系现有教职23名，其中教授（研究员）12名、副教授（青年研究员）9名、讲师（青年副研究员）2名（含国家千人特聘教授1名、国家杰出青年基金获得者1名、上海千人特聘教授2名、教育部青年长江学者1名、上海市优秀学科（青年）带头人2名、上海浦江人才1名，上海市教委晨光学者1名）。

以原创药物研究为导向，针对肿瘤、自身免疫性、代谢性及中枢神经系统疾病，以大数据和精准药物设计技术为支撑，开展新靶点、新机制、新结构的药物研发，及研发过程中相关理论和关键技术的系统研究，包括计算机辅助药物设计与AI、潜在药物靶标验证、先导化合物的发现和结构优化、活性天然产物的全合成和药物合成新技术新方法的开发等。

承担了包括国家“重大新药创制”专项、“863”计划、国家重大研究计划课题等国家级科研项目30余项、省部级项目30余项，在Cell Metabolism、PNAS、J Med Chem、AngewChem Int Ed、Eur J Med Chem等专业杂志上发表SCI收录论文200余篇，申请专利100余项，转让新药3项。有多人分别担任中国药学会药物化学专业委员会委员、中国化学会计算机化学专委会副主任委员、生物物理化学专委会副主任委员、化学生物学专委会委员、中国生物物理学会糖生物学分会理事、全国卫生产业企业管理协会精准医疗分会委员、上海市药学会海洋药物专业委员、上海市药学会药物化学专业委员、Journal of Chemical Information and Modeling和Frontiers等杂志副主编和编委。

承担了本科生的有机化学、药物化学、药物设计学等14门课程和研究生的高等有机化学、高等药物化学、药物设计进展等12门课程，其中药物设计学为国家一流线上课程、上海市精品课程和上海市重点建设课程；药物化学为上海市精品课程和上海市重点建设课程。近年主编教材5本，其中药物设计学为国家“十一五”、“十四五”规划教材。荣获国家级教学成果二等奖1项，上海市教学成果奖一等奖1项。 在读博士研究生60余名，硕士研究生50余名。近年来多名研究生获得上海普通高校优秀毕业生、国家奖学金等荣誉。