复旦大学药学院药剂学系创建于1936年，前身隶属于国立上海医学院药学专修科；1955年全国院系调整后更名为上海第一医学院药剂学教研室；1985年更名为上海医科大学药剂学教研室；2000年上海医科大学与复旦大学合并，定名为复旦大学药剂学教研室；2008年搬迁至复旦大学张江校区。1961年开始招收研究生，1981年和1986年先后获得硕士和博士学位授予权。2007年以来，复旦大学药剂学科遴选为国家重点学科、获准建设智能化递药教育部重点实验室，并拥有国家级“新制剂与新释药系统技术平台”、国家中医药管理局“中药制剂实验室（三级）”、符合GMP要求的“药物制剂中试实验室”，也是“药物制剂国家工程研究中心”加盟单位。
       复旦大学药学院药剂学系在近八十年的发展历程中，秉承团结进取的优良传统，弘扬严谨求实的学风，先后涌现出一批知名教授，如赵士寿、奚念朱、金昭英、王登明、马远鸣、徐惠南、裴元英、蒋新国、方晓玲、陆伟跃、吴伟、王建新、蒋晨等，在国内享有盛誉。在历任学科带头人共同努力下，本学科在人才培养和科学研究方面取得长足进步，尤其是“十五”以来，在智能化递药系统研究领域取得了显著成效，国际影响力逐年提升。