《药物化学》课程是药学类等各专业的重要专业课程之一，是涉及化学、生命科学和计算机运用的一门综合性学科，是药学专业学生在学习基础化学、基础医学、生物化学和药理学以后的一门专业课程，为药学各专业的重要必修课之一。本系自1936年就开设了《药物化学》课程，包含54学时的理论课程和36学时实验课程。该课程2012年列为校级精品课程；2013年列为上海市教委重点课程项目；2015年列为上海市精品课程。课程网站为：http://jpkc.fudan.edu.cn/s/269/main.htm。