复旦大学药学院秉承“人才培养是学科建设之本”的理念。在本科生培养方面，通才教育与精英教育并举。推行CHIPS的教育模式，即培养具有创新精神（Creativity），有强的动手能力（Hands-on）和主动性（Initiative），富有潜力（Potential）的为社会服务的（Service）药学人才。实行小班化精品教育，构建药学专业创新性实验体系，编写了“研究型大学药学实验系列教材”；加强科技创新能力的培养，大力开展大学生科技创新计划、药学实验技能比赛等。
       首次在国内实施临床药学专业“4+2、4+4本研一体化”培养模式，开展药学服务型人才的培养。2013年，药学院联合多家附属医院成立复旦大学医学院临床药学中心，通过资源整合，极大提升了复旦临床药学在国内的核心竞争力。2014年，国家留学基金委批准资助复旦大学药学院在内的中国五所著名药学院校开展“中国临床药学博士专业学位（Pharm. D）师资培养项目”。为此，我院在内的中国五所药学院校与美国密西根大学、明尼苏达大学和俄亥俄州立大学签署了合作协议，并成立了中美药学院校联盟，合作开展中国临床药学高层次人才的培养。
       在研究生培养方面，以培养高素质的从事药学研究的科研后备力量、学术精英以及高层次应用型人才为目标。首批获准培养专业学位“药学硕士”和“工程博士（生物与医药领域）”；与国际知名制药公司（辉瑞公司）以“订单式”模式联合培养研究生，在国内率先开展临床数据管理与统计编程领域应用型人才培养；探索校企联合培养研究生的新模式，与中国医药工业研究总院联合培养硕士、博士研究生。
       我院药学专业人才培养质量位居国内药学院校前列，已先后为国家培养和输送了包括6位两院院士在内的一大批国内外知名的药学专家和优秀毕业生，培养的人才获得用人单位好评。近年来，获得国家级和上海市教学成果奖5项，全国优秀博士学位论文3篇、提名论文2篇，获得国家精品课程1门、国家级精品资源共享课程1门、上海市精品课程6门，获得上海市优秀教材奖1项。