复旦大学药物分析学系创建于20世纪50年代,创建伊始为上海第一医学院药学系药物分析教研室；1985年更名为上海医科大学药学院药物分析教研室；2000年上海医科大学与复旦大学合并后更名为复旦大学药学院药物分析教研室。2009年初，响应学校一体两翼发展战略，教研室整体由枫林校区搬迁至张江校区。2019年，“药物分析教研室”更名为“药物分析学系”。
       经过半个多世纪的发展,药物分析学系在人才培养和科学研究方面取得了长足的进步。秦芝玲教授、姚桂根教授、程务本教授、段更利教授先后任药物分析学系主任，领导系其他老师针对新药质量控制分析技术等领域开展了大量的研究，为药物分析学系的发展做出巨大贡献。2002年以来，药物分析学系的研究领域进一步拓展,涵盖了光谱、电化学、色谱分析三个方面。