药物分析学系目前为药学本科生及生命科学院基地班开设的课程有：药物分析、化学分析、仪器分析、物理化学、体内药物分析。为成人教育开设的课程有：药物分析、化学分析、仪器分析。为研究生开设的课程有：现代色谱技术、生物药物分析、现代药物分析选论、近代仪器分析基础、体内药毒物的分离和检测、化学发光在药物和DNA分析中的应用、荧光分析技术在生物领域中的应用、微流控芯片技术。 其中，《仪器分析》为复旦大学精品课程；《药物分析》为上海市重点建设课程及上海市精品课程。
       主编《药物分析基础》，《药物分析》，《药物分析实验指导》，《现代色谱技术》；参编《分析化学》、《药物分析》（第四版~第八版）及配套教材（人民卫生出版社），《工业药物分析》，《植物成分分析》，《仪器分析实验》等教材近十部。
       本学科一直重视研究生的培养和教育工作，已培养硕士、博士研究生及博士后100余名，其中3人获“上海市优秀博士毕业生”称号；2人荣获“上海市优秀硕士论文”；1人荣获“教育部博士研究生学术新人奖”。目前在读的全日制研究生共31名，其中博士研究生13名。
       学科培养人才和就业趋势主要为：高等院校和科研院所、国内外著名企业新药研发中心、大型医院临床药学研究中心和药剂科、药检所、药监局等从事分析化学和药物分析相关领域的研究、开发及行政监管等工作，具有良好的就业现状和广阔的就业前景。