复旦大学药物分析学科创建于20世纪50年代，创建伊始为上海第一医学院药学系药物分析教研室；1985年更名为上海医科大学药学院药物分析教研室；2000年上海医科大学与复旦大学合并后更名为复旦大学药学院药物分析教研室。2009年初，响应学校“一体两翼”发展战略，学科整体由枫林校区搬迁至张江校区。药物分析学科于1981年和2012年先后获得硕士学位授予权和博士学位授予权。
       经过半个多世纪的发展，药物分析学科在人才培养和科学研究方面取得了长足的进步。老一辈的学科带头人——秦芝玲教授、陆明廉教授、孙时良教授、姚桂根教授、程务本教授等先后在此辛勤耕耘，针对新药质量控制分析技术等领域开展了大量的研究，为药物分析学科的发展做出巨大贡献。2002年以来，药物分析学科的研究领域进一步拓展，涵盖了光谱、电化学、色谱分析三个方面。