复旦大学药理学科始建于1927年，最初由我国药理学的奠基人张昌绍教授主持，1955年全国院系调整后更名为上海第一医学院药学系药理学教研室。生物化学学科于1960年由梅美珍教授领导创建，当时与药理学教研室合并成立药理生化教研室。1978年，生物化学部分从药理生化教研室分出，单独成立生物化学教研室。2010年药学院学科调整之际，重新将药理学教研室与生物化学教研室合并为药理学与生物化学教研室。本学科是国内首批硕士/博士学位的授予点，培养出了新中国第一批药理学专业研究生。本学科于2005年成为上海市重点学科。2019年，更名为复旦大学药学院药理学系。