历史沿革：始建于1927年，由张昌绍主持建设；1955年全国院系调整后更名为上海第一医学院药学系药理学教研室。1960年，梅美珍创建生物化学学科，后与药理学教研室合并为药理生化教研室；1978年生物化学部分分出并成立生物化学教研室。2010年学院学科调整时，药理学教研室与生物化学教研室再次合并为药理学与生物化学教研室；2019年更名为药理学系，生物化学脱离药理学系，调整到生物药物学系。历任主任为张昌绍、梅美珍、竺心影、王永铭、李端、程能能、沈晓燕。

职能方向：药理学系承担药理学及相关本科、研究生课程建设与人才培养工作，围绕重大疾病治疗药物发现、药物作用机制阐明、药物靶点确证、药效评价和转化研究开展教学科研，是国内较早开展药理学硕士、博士培养的学科点之一。

师资概况：至2026年12月，药理学系有在岗专任教师11人，其中正高级职称4人、副高级职称7人，博导7人，硕导4人，国家级人才1人（讲座教授），国家级青年人才2人。

特色研究方向：（1）心脑血管与血小板药理及新型治疗药物研究；（2）肿瘤代谢调控与抗肿瘤药物药理研究；（3）神经退行性疾病、炎症和感染相关药物作用机制研究。

标志性成果：牵头建设国家级精品课程和国家精品资源共享课程《药理学》，获上海市教学成果奖2项；2006-2026年，承担国家重点基础研究发展计划（973计划）项目2项，国家杰出青年科学基金项目1项、重点项目3项、重点研发项目5项；在《细胞-代谢》（Cell Metabolism）、《自然-纳米技术》（Nature Nanotechnology）、《自然-通讯》（Nature Communications）、《科学-进展》（Science Advances）等期刊发表高水平论文20余篇。益母草碱成果于2016年完成1.5亿元转让，系复旦大学当时最高金额转让项目之一；累计完成企业转让5项，合同金额5.86亿元，4项进入临床研究。