本系开设本科生课程15门，其中《药理学》被列为国家级精品课程；开设研究生课程14门。代表课程有：
  药理学（国家级精品课程）
  药物.生命.社会（上海市精品课程）
  药理学专题讨论（研讨型课程）
  Case-based Pharmacology（全英语课程）
  生物化学（本科生必修课程）
  药学分子生物学（本科生必修课程）
  药学研究新进展（研究生课程）
  药理学研究前沿（研究生课程）