1954年4月，经中共上海第一医学院委员会（简称上医党委）批准，药学系第一个党支部成立；1958年3月，上医党委批准药学系党支部升格为党总支；1985年，上海第一医学院更名为上海医科大学，药学系党总支也更名为药学院党总支；1993年1月，中共上海医科大学委员会（也称上医党委）决定，药学院党总支升格为党委会；2000年4月，上海医科大学与复旦大学合并成立新的复旦大学，上海医科大学药学院党委定名为复旦大学药学院党委。
        药学院党委设书记1名、副书记2名、其他委员3名，设有党委办公室和学生工作办公室；含8个在职教职工党支部、1个退休党支部、2个本科生党支部、10个研究生党支部；截至2021年10月，共有教职工党员82名，学生党员266名。
药学院党委在校党委的领导下，认真贯彻执行党的路线、方针、政策，围绕学校和学院的中心工作，充分发挥政治核心和监督保障作用，为药学院的教学、科研和管理工作保驾护航，积极推进改革和发展，努力培养和造就德、智、体等全面发展的社会主义“四有”新人。主要职责包括：
      （1）监督保证党和国家的方针、政策及学校各项决定在药学院的贯彻执行；
      （2）积极为学校的改革和发展出谋献策，参与讨论和决定药学院发展和各项重要事项，支持药学院行政负责人在其职责范围内独立负责地开展工作；
      （3）加强党组织的思想、组织、作风建设，指导党支部工作，做好党员教育、管理及组织发展工作；
      （4）领导药学院教职工、学生思想政治工作，做好全院思想政治工作的协调、组织、实施和监督工作，加强师德师风建设，树立敬业爱岗精神；
      （5）按照“党管干部、党管人才”的原则，做好药学院干部的培养、教育和管理工作，与行政共同抓好人才队伍建设；
      （6）领导药学院教代会、工会和退管会、妇委会、学生会、关工委等群团组织和共青团工作，定期讨论研究组织工作问题，协调其与行政管理的关系，支持其根据章程开展工作，充分发挥自各积极作用；
      （7）贯彻执行党的统一战线工作政策，团结和关心民主党派及其成员和党外人士，充分调动他们在教学、科研和管理工作中的积极性和创造性，协助和支持他们按照各自的职责开展工作。