复旦大学药学院生物药物学系（原生物合成药物化学教研室）创建于上世纪六十年代初期，当时抗生素快速发展，原上海第一医学院药学系在药物化学学科内建立了生物合成药物化学方向，这是国内首个在药学院建立的生物药物学科，与合成药物化学、天然药物化学成为药物化学三大支柱。1985年，更名为上海医科大学药学院生物合成药物化学教研室；2000年，上海医科大学药学院并入复旦大学，随之更名复旦大学药学院生物合成药物化学教研室。生物合成药物化学教研室内部的抗病毒药物研究室是在在教育部和卫生部分子病毒重点实验室闻玉梅院士的支持和指导下，于1993年由原上海医科大学药学院成立。2008年，在上海市科委的支持下，抗病毒药物研究室整合了复旦大学基础医学院病毒研究的相关力量，组建了上海市研发公共服务平台的抗病毒子平台，已经承担了众多国家重大、重点项目研究，及为其它高校、企业提供了药物研发支持。目前本学科在天然药物转化、大分子药物研发、抗感染、抗肿瘤药效药理等领域取得了诸多成绩。在各任领导和教研室老师的努力下，学科方向有了极大的突破，为了学科更好发展，在复旦大学校方和院方领导支持下，于2016年3月正式更名为复旦大学药学院微生物与生化药学教研室。2019年，更名为复旦大学药学院生物药物学系。