复旦大学药学院生物药物学系（原微生物与生化药学教研室、生物合成教研室）创建于20世纪60年代。当时原上海第一医学院药学系在药学化学学科内建立了生物合成药物化学方向，这是国内首个在药学院建立的生物药物学科。并于1985年更名为上海医科大学生物合成药物化学教研室。2000年上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学药学院生物合成药物化学教研室。并且先后在闻玉梅院士及上海市科委的支持下，成立了上海市抗病毒药物研究室。在各任领导和教研室老师的努力下，学科方向有了极大的突破，为了学科更好发展，在复旦大学校方和院方领导支持下，于2016年3月正式更名为复旦大学药学院微生物与生化药学教研室。2019年，更名为复旦大学药学院生物药物学系。