历史沿革：创建于20世纪60年代，前身为原上海第一医学院药学系药物化学学科内建立的生物合成药物化学方向，是国内首个在药学院建立的生物药物学科。1985年更名为上海医科大学药学院生物合成药物化学教研室，2016年更名为微生物与生化药学教研室，2019年随院内系室调整，更名为生物药物学系。先后于1993年成立抗病毒药物研究室，2008年组建上海市研发公共服务平台抗病毒子平台，2019年组建上海免疫治疗药物工程技术研究中心，2024年获批筹建上海市肿瘤治疗新靶点发现与抗体药物重点实验室。历任负责人为诸志义、夏何生、周珮，鞠佃文。

职能方向：立足国家生物医药战略需求，承担生物制药技术及生物药物学相关领域的本科与研究生课程体系建设与高水平人才培养任务。聚焦肿瘤、感染及代谢性疾病等重大健康问题，以抗体、细胞因子、细胞治疗产品等生物技术药物为核心，系统开展从新靶点发现、药物设计、机制解析到临床前转化研究的全链条创新性教学与科研工作，致力于推动基础研究成果向临床转化。

师资概况：至2026年12月，在岗专任教师7人，其中正高级3人、副高级4人，博导6人，硕导1人，含国家级人才1人。

特色研究方向：（1）肿瘤、代谢和心血管疾病的免疫治疗与生物技术药物研发；（2）微生物转化与次级代谢产物生物合成机制；3）抗感染药物评价及天然活性物质研究。

标志性成果：主编《生物制药技术》等“十一五”“十二五”“十三五”规划教材各1部，参编4部；搭建了抗炎抗感染药物筛选、蛋白质药物研发、细胞与免疫治疗、微生物药物研发六大公共服务平台，为高校及企业提供从初筛到临床批件申报的全流程药效学支持；周珮主持的那西肽原料药及预混剂获得国家农业部新兽药（三类）证书2项；鞠佃文负责研发的碘131I 肿瘤细胞核人鼠嵌合单克隆抗体注射液，已上市销售；许杰首次报告肿瘤免疫新靶点CD3L1，开发系列抗体候选药物，相关专利转让合同总额超2.28亿元，已启动1b/2a期临床研究。