复旦大学药学院微生物与生化药学二级学科（隶属于药学院生物药物学系，上海免疫治疗药物工程技术研发中心）创建于上世纪六十年代初期，原上海第一医学院药学系在药物化学学科内建立了生物合成药物化学方向，这是国内首个在药学院建立的生物药物学科，与合成药物化学、天然药物化学成为药物化学三大支柱。1985年，更名为上海医科大学药学院生物合成药物化学教研室；2000年，上海医科大学药学院并入复旦大学，随之更名复旦大学药学院生物合成药物化学教研室。2015年从药物化学分离出来改为微生物与生化药学教研室，成为独立的微生物与生化药学二级学科。

      本学科为本科生开设《生物技术制药》、《生物药物学》、《药用微生物》、《生物合成药物化学》等6门课程，为硕士研究生开设《生物制药技术与新药研究》、《微生物代谢工程》、《生物技术进展》等4门课程，为博士研究生开设《生物大分子的结果与功能》和《生物合成进展选论》两门课程；主编十一五、十二五、十三五规划教材各1部，参编4部；培养硕士研究生30余名，博士研究生近20名，博士后2名。研究生荣获国家和省部级以上奖励20余人次，其中“复旦大学优秀博士后”1人次、博士生“国家奖学金”10人次、硕士生“国家奖学金”3人次、“上海市优秀毕业生”3人次、“上海市优秀硕士论文”1项、“复旦大学优秀硕士论文”1项。