药学院每年招生本科生110名左右，在本科生培养方面，通才教育与精英教育并举。推行CHIPS的教育模式，即培养具有创新精神（Creativity），有强的动手能力（Hands-on）和主动性（Initiative），富有潜力（Potential）的为社会服务的（Service）药学人才。实行小班化精品教育，构建药学专业创新性实验体系，编写了“研究型大学药学实验系列教材”；加强科技创新能力的培养，大力开展大学生科技创新计划、药学实验技能比赛等。
      首次在国内实施临床药学专业“4+2、4+4本研一体化”培养模式，开展药学服务型人才的培养。2013年，药学院联合多家附属医院成立复旦大学医学院临床药学中心，通过资源整合，极大提升了复旦临床药学在国内的核心竞争力。2014年，国家留学基金委批准资助复旦大学药学院在内的中国五所著名药学院校开展“中国临床药学博士专业学位（Pharm. D）师资培养项目”。为此，我院在内的中国五所药学院校与美国密西根大学、明尼苏达大学和俄亥俄州立大学签署了合作协议，并成立了中美药学院校联盟，合作开展中国临床药学高层次人才的培养。