复旦大学药学院现拥有完整的新药创制研发链和基础研究支撑平台，依托药物化学、药理学、药剂学和临床药学等四大学科群，以临床问题为导向，面向国家重大需求，聚焦和围绕心脑血管、肿瘤、感染等重大疾病，着力源头创新，开展创新药物发现、生物效应及成药性、药物制剂及递送、药物临床应用与安全性评估等科学研究；此外，学院还充分利用复旦大学基础医学、生物医学、临床医学、生命科学、化学等综合学科的优势，交叉融合，侧重新理论、新技术、新方法、新产品的开发与利用，联合攻关，使药学基础研究与新药开发应用浑然一体，形成了创新药物研究与应用的一条龙格局。

       复旦大学药学院致力于创新药物基础和应用研究，“十二五”期间在生物医药领域取得了显著成果。2009年申报并获得了“国家重大新药创制科技专项-综合性新药研究开发技术大平台”，为创新药物研究的能力建设起到良好的支撑作用。平台建设以“能力建设”和“新药研发”为指导思想，以心脑血管疾病、抗感染和抗肿瘤药物为纵向主线，建设综合性创新药物研发大平台，形成紧密衔接、功能配套的创新药物研发链，研发/孵化20个创新药物，检验并完善综合平台，实现良好运行并对外开放。依据创新药物研究开发规律，建设贯穿创新药物研发链的集成创新综合平台；部分子平台建设成国际双边或多边互认的研发平台，建立符合国际规范的SOP；培养一批创新药物研究的领军人物和青年学术骨干。

       通过子平台建设，形成创新药物研发链。设置十个子平台，涵盖创新药物研发的全过程。路线图如下：

       复旦药学院在“211工程”、“985一期、二期和三期工程”建设的基础上拥有科研“5基地6平台2中心”，其中“5基地”包括药剂学科于2011年成为教育部智能化递药重点实验室, 药理学科于2014年获批建设上海市“小分子活性物质”重点实验室；2003年，药剂学科、生药学与药物分析学科分别被国家中医药管理局确定为2个“国家中医药科研三级实验室”，即“中药制剂实验室和中药生药分析实验室”； “6平台”包括化学和生物测试平台、动物实验中心药效评价平台、分子模拟与设计平台，抗病毒药物筛选平台，药物活体影像筛选平台，新制剂与新释药系统技术平台；“2中心”包括2012年获批上海市教委筹建的复旦大学上海药物创制产业化开发中心，以及复旦大学医学院临床药学中心，它们为药学院的基础和应用基础研究奠定了坚实的基础。