目前药学院承担了新药创制国家十一五 “新药创制综合技术大平台”建设、国家十一五、十二五 “新制剂与新释药系统技术平台”建设、国家十一五“中药药效物质基础及物质资源库关键技术研究”，其中“新药创制综合技术大平台”设置十个子平台，涵盖创新药物研发的全过程，形成紧密衔接、功能配套的创新药物研发链，研发/孵化22个创新药物。主持了科技部重大项目33项，包括国家“973”计划项目3项、国家“863”计划项目7项、国家重大新药创制专项课题5项等。近五年已获得国家、上海市等各类纵向基金项目近230项，资助金额达1.7亿多元；主持国家自然科学基金课题97项（近3年中标率达40%），其中包括国家自然科学基金重点项目3项、杰青3项、优青1项，国际合作项目2项；获得其他部级项目共43项；研究成果共发表SCI论文661篇（2014年平均影响因子达4.32），其中ESI高被引论文8篇，IF>10的12篇，IF>5的144篇；另有11位教授成为20个世界知名期刊的编委，学术水平已得到了世界知名期刊充分认可。

       在基础应用研究方面，药学院充分利用地处张江药谷的区位优势，与张江园区内的科研院所和100强国际知名药企密切合作，已初步构建从创新药物发现到新药研发的完整链条，为提高学院新药研究的自主创新能力，促进基础研究成果向企业转化，为国家新药创新体系建设和重大新药开发做出了积极贡献。近五年药学院已承担了一批具有影响力的创新药物研究开发项目，已到位科研经费约达5000万元。其中已申请专利数310项，授权专利数197项，国际专利2项；获得临床试验批件9个，申请二期临床试验批件1个，已成为国家高校新药创制研发的重要基地。

       药学院已获教育部自然科学奖一等奖2项，国家自然科学二等奖1项，国家科技进步二等奖1项 ，中国药学会奖6项，上海市药学奖7项。