1936年 国立上海医学院药学专修科成立。当年开始招生。朱恒璧、张昌绍和张毅曾先后任药科主任。复旦大学枫林校区建筑松德堂是最早的教学楼，被认为是上医药学院的发源地。

1937年 抗日战争爆发，枫林桥上海医学院校舍沦陷，学校移至海格路红十字会医院（现华山路华山医院）进行教学。同年夏天内迁昆明，后迁至重庆歌乐山。

1945年 回迁上海原址，医学院院长朱恒璧兼任药科主任至1949年9月。

1950年 中法大学药科并入上海医学院药科。林国镐任主任，伍裕万任副主任。

1952年 为适应教学、科研工作需要，药学专修科更名为药学院，是全国医学院最早建立的药学院，张辅忠为首任药学院院长，伍裕万、王进英为副院长。

1952年 浙江大学理学院药学系（简称浙大药学系）并入上海医学院药学院。

1952年 创办药物化学专业。

1955年 浙江医学院药学系（简称浙医药学系）部分师生并入上海第一医学院药学院，并更名为上海第一医学院药学系。
1958年 创办药学专业夜大学。

1959年 开始招收研究生。

1966年 “文革”开始，停止招生6年。

1972年 恢复招收药学专业3年制大学生。

1977年 国家恢复高考制度，招收4年制药学和化学制药（后改为药物化学专业）两个专业本科生。

1978年 创办药理专业。

1978年 恢复研究生招生。

1981年 药剂学、药物分析、药物化学、生物化学、药理学、生药学6个学科被批准为硕士学位授权点。

1984年 恢复药学专业夜大学招生。

1986年 更名为上海医科大学药学院，奚念朱教授任首任院长。

1987年 药剂学、药物化学、生药学、生物化学、药理学等5个二级学科被批准为博士学位授予点，开始招收博士研究生。

1989年 开办两届药学专业证书班（至1990年止）。

2000年 上海医科大学与复旦大学合并，遂更名为复旦大学药学院。

2000年 招收药学专业高职教育学生，至2002年止。

2008年 药学院整体搬迁至浦东新区张江高科技园，占地面积约80亩，工作用房面积为2.5万平方米，由科研楼、化学楼、实验动物楼、药学实验教学中心等建筑群构成。