天然药物学系在抗补体、抗病毒、抗肿瘤、抗代谢性疾病等天然活性成分研究方面取得了丰硕成果。近年来先后主持科技部“重大新药创制”、国家自然科学基金（杰青、优青、重点、面上和青年）、上海市曙光学者计划、上海市科委重点科技攻关等国家及省部级研究课题超过100项；与中国药科大学共同完成的“常用中药材品种整理和质量评价”研究成果曾获得国家科技进步一等奖、三等奖，国家中医药科技进步一等奖、二等奖。“南五味子属药用植物的化学成分及其生物活性”研究获得2006年度教育部科学技术奖自然科学一等奖。陈道峰教授和胡金锋教授连续五年入选Elsevier中国高被引学者。先后负责和参加试制敌百虫、长春新碱、L-多巴、虎杖片、灯盏花胶囊、心脑舒通片、雷公藤多苷片和心脑舒通胶囊等产品的研发。