天然药物学系高度重视与国内外同行的学术交流，积极开展合作研究，以提升本学科在国内外的影响力，提高研究生培养质量。目前已与美国、日本、加拿大、法国、中国台湾/香港/澳门等国家和地区的相关科研机构建立有科研合作关系，其中与美国北卡罗莱纳大学药学院天然产物实验室长期合作，对中草药抗肿瘤、抗艾滋病毒活性成分的研究富有成效。此外还与美国杜克大学艾滋病研究中心、美国密西西比大学药学院、美国红杉天然产物科学公司、英国伦敦大学药学院和新加坡国立大学化学系等国外研究机构相关课题组通过共同研究课题或人员派遣，开展了实质性的学术交流。