2001/09-2005/07 中国科学技术大学 获化学理学学士
2005/09-2010/07 中国科学院上海有机化学研究所 获有机化学博士学位
2010/07-2013/05 中国科学院上海有机化学研究所 助理研究员
2013/05-2019/09 中国科学院上海有机化学研究所 副研究员
2019/10-至今 复旦大学药学院 副研究员
1. 国家重点研发计划子课题（2023YFF1205102，2023.11-2026.10，骨干）
2. 上海市2024年度“科技创新行动计划”自然科学基金项目（24ZR1413800，2024.10-2027.9，主持）
3. 上海市2025年计算生物学重点专项（25JS2830200，2025.8-2028.7，骨干）
4. 国家重点研发计划子课题（2016YFA0502300，2016.7-2021.6，骨干）
5. 国自然面上项目（21472226，2015.1-2018.12，主持）
6. 国自然青基项目（21102168，2012.1-2014.12，主持）
人工智能药物设计
本方向致力于融合人工智能、计算化学与生物物理学的前沿技术，推动药物研发范式的创新。具体涵盖以下三个方面：
1. 创新计算方法开发与应用：专注于CADD和AIDD新算法的开发与优化，包括：发展高精度的靶标-亲合性预测模型、高效的全新分子生成与设计方法，以及针对共价药物的反应性和选择性预测技术，为药物发现提供核心计算工具。
2. 挑战性靶标体系的精准药物设计：针对传统“不可成药”靶标，重点发展靶向PPI界面的创新设计策略。通过结合结构生物学信息与智能计算手段，设计调控PPI的小分子、多肽等抑制剂，并将这些方法应用于特定的重大疾病靶标体系，推动新药创制。
3. 药物作用机制的深度挖掘与先导化合物优化：综合运用分子模拟与人工智能技术，深入研究与重大疾病相关的药物靶标与其配体的微观相互作用机制。通过揭示结合与活化机理、耐药性成因等关键科学问题，为先导化合物的发现与优化提供理论指导和结构基础。
作为项目负责人已完成国家自然科学基金青年基金1项以及面上项目1项。作为项目组骨干参与国家自然科学基金重点项目、国家重点研发计划项目子课题、中国科学院战略性先导科技专项等科研项目。曾获得知名生物制药企业默沙东（Merck）中国有限公司博士后项目及安进（Amgen）亚洲研发中心的博士后项目资助。现担任美国化学会出版的J. Med. Chem.杂志编委。迄今已发表SCI论文50余篇，其中通讯作者（含共同通讯作者）和第一作者论文20余篇。获得国内新化合物发明专利授权5项及软件著作权8项。
1. Cai, W.; Li, Z.; Zhao, M.; Gu, Y.; Qiu, C.; Zhou, M.; Deng, W.; Zhou, L.*; Li, Y.*; Wang, R.* Design, synthesis, and evaluation of phenylpyrrole derivatives as small-molecule activators of BAX. J. Med. Chem. 2026, 69, 7541-7571.
2. Zhao, M.; Li, J.; Cai, W.; Wang, R.*; Li, Y.*Combined nudged elastic band and Markov state models uncover distinct BAX activation pathways by Bim peptide and a small molecule. JACS Au, 2026, 6, 1228-1237.
3. Wu, G.; Xiang, Y.; Liu, H.; Hu, C.; Li, Y.*; Feng, J.*; Li, Y.* Virtual screening combined with phase transition-FRET for discovery of small-molecule FcRn antagonists.Anal. Chem.2025, 97, 10661-10670.
4. Zhang, Z.; Gao, R.; Zhao, M.; Zhang, X.; Gao, H.; Qi, Y.*; Wang, R.*;Li, Y.*Computational methods for predicting chemical reactivity of covalent compounds. J. Chem. Inf. Model.2025, 65, 1140-1154.
5. Zhang, X.; Gao, H.; Qi, Y.; Li, Y.*; Wang, R.* Generation of rational drug-like molecular structures through a multiple-objective reinforcement learning framework. Molecules2025, 30, 18.
6. Gong, Q.; Wang, H.; Zhou, M.; Zhou, L.; Wang, R.; Li, Y.* B-cell lymphoma-2 family proteins in the crosshairs: small molecule inhibitors and activators for cancer therapy. Med. Res. Review2024, 44, 707-737.
7. Li, Y.*; Zhang, Z.; Wang, R. HydraMap v.2: Prediction of hydration sites and desolvation energy with refined statistical potentials. J. Chem. Inf. Model. 2023, 63, 4749-4761.
8. Liu, H.; Su, M.; Lin, H.*; Wang, R.*; Li, Y.* Public data set of protein-ligand dissociation kinetic constants for quantitative structure-kinetics relationship studies. ACS Omega2022, 22, 18985-18996.
9. Li, Y.; Fan, W.; Gong, Q.; Tian, J.; Zhou, M.; Li, Q.; Uwituze, L. B.; Zhang, Z.*; Hong, R.*; Wang, R. X.*Structure-Based Optimization of 3-Phenyl-N-(2-(3-phenylureido)ethyl)thiophene-2-sulfonamide Derivatives as Selective Mcl-1 Inhibitors. J. Med. Chem.2021, 64, 10260-10285.
10. Zhang L.; Yao, D.; Zhou, F.; Zhang, Q.; Xia, Y.; Wang, Q.; Qin, A.; Zhao, J.; Li, D.; Li, Y.*; Zhou, L.*; Cao, Y.* Sci. Bull. 2021, 66, 1550-1558.
