历史沿革：药物化学系的历史可追溯至1952年设立的合成药物化学教研室，是我国最早建立的药物化学学科之一。建室初期即汇聚了杨毅、宋梧生、袁开基、伍裕万等一批在我国药学界享有声誉的学者。此后，在薛芬、董纪昌、刘懋勤、周智善、闻韧、夏鹏、仇缀百、叶德泳、李英霞、王任小等历届主任的带领下得到持续发展，在1981年和1990年相继成为硕士、博士学位授予点，1995年被评为上海市首批重点学科，2019年正式更名为药物化学系。至2026年12月，药物化学系有在岗专任教师22人，其中正高级职称11人、副高级职称11人，博导18人，硕导4人，国家级人才2人，国家级青年人才3人。

特色研究方向：以原创药物发现为核心导向，聚焦肿瘤、自身免疫性疾病、代谢性疾病及中枢神经系统疾病，系统开展针对新靶点、新机制、新结构的药物研发，同时推进人工智能药物设计、药靶发掘与验证、先导化合物高效发现与结构优化、天然产物全合成、药物绿色合成等新技术的发展。

标志性成果：自学科创立以来，先后研制出敌百虫、氯磷定、纳洛酮等重要药物，荣获国家发明奖、全国科技大会奖、卫生部科技进步奖等多项奖励。在抗肿瘤、心血管疾病、代谢性疾病等领域持续取得突破，研究成果发表在《自然综述·药物发现》（Nature Reviews Drug Discovery）、《细胞代谢》（Cell Metabolism）、《美国化学会志》（Journal of the American Chemical Society）、《药物化学杂志》（Journal of Medicinal Chemistry）等国际知名期刊上。承担国家重点研发计划、重大新药创制专项、国家自然科学基金项目等国家级科研项目50余项，成果获国家授权发明专利100余项，展现强大技术转化能力。SMS2抑制剂、PGAM1抑制剂及NF-κB抑制剂等原创新药项目成功实现转让，合同金额累计已超过8亿元人民币。