药学实验教学中心于2006年开始筹建,将原来的本科生药用化学综合实验室、药物分析实验室、药剂学实验室、生药学实验室、药理学实验室、生物化学实验室、物理化学实验室、生物合成实验室和药学计算机中心合并成为“药学实验教学中心”,实行实验技术人员、实验室和仪器设备的统一管理,提高人员、实验室和设备的共享和使用效率。经过2006-2007年的筹建阶段,药学实验教学中心于2008年9月搬迁张江校区并正式成立。

        药学实验教学中心位于药学院实验教学楼内,建筑面积3100 m2,共有8间实验室、5间仪器室和4间准备室,还有天平室、无菌室、仪器库房和教师办公室等。中心开设了20余门、约1300多学时的基础实验和专业实验课程,授课对象主要有药学专业和临床药学专业本科生,还有与生命科学学院共建的生物技术基地班学生。另外,还承担了药学院夜大生实验和部分研究生实验的教学任务。至2015年8月,共有专职教辅教师10人,其中7位是中心成立后新进教师,教辅队伍年龄结构更加年轻化,硕士以上学历占70%,人均承担两门以上实验课程的准备和带教工作。

        自中心成立以来,学校和学院均投入了建设经费,实现了部分教学仪器的更新换代。目前,中心拥有气质联用仪、液质联用仪、红外分光光度计、高压液相色谱仪、气相色谱仪、荧光分光光度计、紫外分光光度计、压片机、多导生理信号记录仪等大型仪器和一个学生实验细胞房。这些仪器和实验室在保证实验教学后全天候开放,为学生创新性研究提供必要的实验场地和仪器设备支持。

        药学实验教学中心针对学科特点,制定了一系列规章制度,使中心的实验教学和管理工作趋于规范化、科学化和制度化。除实验教学、实验室建设和管理工作外,近年来中心还完成了上海市高校本科重点教改项目和复旦大学一系列本科教学实验室建设项目,使得中心在软、硬件建设方面都取得了显著的进展。运用先进仪器开发改进实验内容,新开设了《综合性药学实验》,初步构建了以科研创新能力培养为导向的实验课程新体系。此外,还参与了6本新实验教材的编写,建立了中心网站（http://etcps.fudan.edu.cn）,年均访问量可达万余次,将实验教学拓展到课外课堂,成为师生互动交流、对外发布信息的平台。中心还定期举办“药学知识实验技能大赛”,设置初赛、复赛和决赛环节,增强了同学们对院系专业的认同和热爱,丰富了校园文化,受到了师生们的好评。中心还积极对外交流,师生代表先后参加了三届“全国药学（中药学）专业大学生实验技能比赛”,分别取得了金奖、一等奖和特等奖的好成绩。

        几年来,中心工作荣获了药学院2008-2009年度精神文明三等奖、2010-2011年度和2012-2013年度精神文明二等奖以及2013年度优秀教学团队奖,以中心为主的教改工作荣获了2013年上海市教学成果二等奖。