复旦大学药学院下设11个教研室、1个药用化学综合实验室以及药学研究所和《中国临床药学杂志》社各1个，还拥有1个卫生部上海市临床药学培训中心。现有教职员工107人，其中教授（含研究员、主任技师）22人，副教授（含副研究员、副主任技师）23人。 学院具有药学一级学科博士学位授予权，拥有药学一级学科博士后流动站1个、二级学科博士点5个（药剂学、药物化学、药理学、生药学和生物化学）、二级学科硕士点6个（药剂学、药物化学、药理学、生药学、生物化学和药物分析）。药学一级学科曾被列为上海市“重中之重”建设学科和复旦大学“985”重点建设学科，药物化学也是上海市教委重点学科。药学院与复旦大学生命科学学院联合设立了“国家生命科学与技术人才培养基地—生物医药点”。